O PPGE integra e é integrado por laboratórios e centros de pesquisa da FEARP, que reúnem docentes do programa em torno de temas específicos de investigação.
CEPER
Centro de Pesquisa em Economia Regional — pesquisas sobre desempenho econômico regional e administração pública local, buscando maior eficiência nas gestões públicas e maiores níveis de desenvolvimento.
Docentes PPGE: Luciano Nakabashi · Sérgio Naruhiko Sakurai
GPME
Grupo de Pesquisa em Macroeconomia Estrutural — promove pesquisa em Macroeconomia e contribui para a formação discente.
Docentes PPGE: Fábio Augusto Reis Gomes · Fernando Antônio de Barros Júnior · Gian Paulo Soave
LEMC-FEARP/USP
Laboratório em Economia, Matemática e Computação — promove entre os estudantes da USP a interseção da Ciência Econômica com a Matemática e a Computação.
Docentes PPGE: Jefferson Donizeti Pereira Bertolai · Fernando Antônio de Barros Júnior
LEPES-USP
Laboratório de Estudos e Pesquisas em Economia Social — pesquisas e avaliações de impacto de políticas sociais em desenvolvimento infantil, desenvolvimento socioemocional, gestão escolar e violência e criminalidade.
Docentes PPGE: Daniel Domingues dos Santos · Elaine Toldo Pazello · Luiz Guilherme D. S. Scorzafave · Renato Schwambach Vieira